Der jüngste Palast von Knossos entstand als Gebäudeensemble von bis zu fünf Stockwerken mit einer umbauten Fläche von 21.000 m² auf einer lichten Fläche von 2,2 ha. 800 Räume sind nachweisbar, doch dürfte der Palast insgesamt bis zu 1300 besessen haben. Der Palast war zu keinem Zeitpunkt befestigt. Er ist, wie alle Palastanlagen der Minoer, um einen rechteckigen Zentralhof von 53 × 28 m errichtet. Aus vier Richtungen kommen verwinkelte, vergleichsweise schmale Gänge, reich dekorierte Korridore, bemalte Säle, aufwendig gestaltete Treppenhäuser und säulenumstandene Galerien auf diesen Hof zu. Die Anlage war Verwaltungszentrum und enthielt zahlreiche Werkstätten.
Das Herzstück des Palastes ist der sogenannte Thronsaal, der aufgrund eines dort gefundenen Alabasterthrons so genannt wurde. An den Seitenwänden des Vorraums sind steinerne Bänke aufgestellt. Eine kostbare Porphyrschale steht im Zentrum des Vorraums. Sie diente wahrscheinlich rituellen Waschungen. Andere Interpretationen deuten dies als Aquarium.