Der Fluss Skjálfandafljót liegt im Norden von Island und hat eine Länge von ca. 178 km.
Er entspringt am Nordwestrand des Gletschers Vatnajökull im Isländischen Hochland. Dabei nimmt er auch Quellflüsse vom zum Tungnafellsjökull (Lage) gehörigen Hochtemperaturgebiet am Vonarskarð (Lage) auf. Anschließend strömt er in etwa parallel zur Sprengisandur-Hochlandroute nach Norden ins Tal Bárðardalur und mündet schließlich in die Skjálfandi-Bucht.
Unterwegs ergießt der Fluss sich über zahlreiche Wasserfälle, von denen die bekanntesten Aldeyjarfoss und Goðafoss darstellen.